Oi Leonardo,
depende do que você quer fazer. Se for para customizar o plugin e, com isto, gerar uma nova versão dele, basta baixar o código fonte e alterar.
Se for para alterar algo específico apenas para o seu projeto, uma alternativa interessante, para o caso quando vamos customizar apenas uma classe ou arquivo GSP é você criar, no seu projeto, um arquivo cujo nome e caminho bata exatamente com o do presente no plugin.
Um exemplo muito comum é a customização do formulário de autenticação no Spring Security Core. Você simplesmente vai criar um arquivo chamado auth.gsp no seu projeto que bata com o mesmo caminho e nome definido no plugin, tal como presente no código fonte original - https://github.com/grails-plugins/grails-spring-security-core/blob/master/grails-app/views/login/auth.gsp
Nestes casos, em que você vai customizar apenas um pedacinho, nem precisa baixar o código fonte, basta olhar direto no GitHub ou aonde o plugin está hospedado.
No caso do Grails 2.x a coisa era um pouco melhor: o código fonte do plugin era baixado para o interior da pasta .grails do seu projeto ou na pasta target. Aí você tinha acesso completo ao código fonte que, claro, não poderia alterar naquela pasta pois seria apagado na sequência, mas pelo menos ajudava na consulta.