Segue o cenário:

class Pai {
?   ?Filho filho
?   ?...
   ??static constraints = {
??   ?   ?filho nullable: true
??   ?   ?...
?   ?}?
}

class Filho {
   ??static hasMany = [netos:Neto]
??
   ?static constraints = {
??   ?   ?netos nullable: true
?   ?}?
}

Class Neto {
   ??String nome
?
   ?static hasMany = [filhos:Filho]
?   ?static belongsTo = Filho
}

Tela de cadastro de Pai:

Netos:
<g:each in="${gaia.Neto.list()}" var="neto">
   ?<g:checkBox name="filho.neto.nome" /> ${neto.nome}
</g:each>

Quando não é selecionado nenhum neto, na Controller chega o objeto Pai com a instancia de Filho criada, mesmo que nenhum atributo de filho tenha sido preenchido(pois só possui Neto).

Fica a Dúvida de como contornar isso. Checar antes de salvar? Mudar o mapeamento?

Tentei simplificar no exemplo, mas na realidade em Filho tenho várias listas (hasMany) de "Netos". Então se eu simplesmente matar "Filho" e passar os "Netos" diretamente para o objeto "Pai", terei alguns outros inconvenientes, como por exemplo: para verificar a existência de "Filho" consultar se as listas de "Neto" estão vazias ou não.